1、科属区别：玻璃鱼是鱵科鱵属的，耗儿鱼则属于竹刀鱼科秋刀鱼属。

2、肌肉颜色区别：玻璃鱼的肌肉是透明的，耗儿鱼不具有这个特征。

3、分布区别：玻璃鱼生活在纬度高的地方，耗儿鱼生活在纬度低的热带和温带。

4、习性区别：玻璃鱼偏爱植物性食物，耗儿鱼偏爱动物性食物。

5、别称区别：玻璃鱼又叫棒鱼，耗儿鱼又叫竹刀鱼。