花为雌雄同株异花，花冠5瓣、黄色、花小，直径1~1.5厘米，雌花每节开一朵，少数开2~3朵，子房下位，从开花到授粉、坐果为4~5天，依靠昆虫传粉。

雄花为无限花序，花轴长达10~35厘米，开花10~30朵不等。雄花出现在子蔓上，开花早，雌花多着生在孙蔓上，开花迟于雄花。佛手瓜的幼瓜在雌花开放时已有花生仁大小，受精后幼瓜生长膨大速度逐渐加快。