主要航道有西江下游、东平水道、莲沙蓉水道、小榄水道、虎跳门水道、陈村水道、洪奇沥水道等。珠江三角洲航道将建成以“三纵三横三线”千吨级以上航道为骨干，三五百吨级航道为基础的纵横交错、干支互补、通江达海的航道网。

“三纵”指广州港出海航道、西江下游出海航道和陈村至洪奇沥水道“三横”指东平水道、莲沙蓉水道及老龙虎西延线和小榄水道“三线”指崖门水道至崖门出海航道、虎跳门水道和顺德水道。