呼伦贝尔有两大水系，嫩江水系和额尔古纳河水系，共有大小河流3000多条。流域面积在100平方公里以上的河流有550条，其中嫩江水系247条，额尔古纳河水系303条。呼伦贝尔还有大小湖泊500多个，其中0.1平方公里以上的349个。