少儿医保和新农合两者之间的差别还是挺大的，不仅保障内容上不同，保障的对象也是不同的，少儿医保主要针对未满18岁的少年儿童或已满18岁但还在读的中、小学生。

新农合参保的对象则主要是农村居民，并且，少儿医保与新农合在报销的比例上也是不同的。