1、科属不同：水蕨菜属多年生草本植物，水芹菜属多年水生宿根草本植物。

2、形态不同：水蕨菜高可达70～100厘米，茎单生、中空、具分枝，叶片二至三回羽状全裂、边缘具尖锯齿状。水芹菜高15～80厘米，茎直立或基部匍匐，基生叶有柄，叶片轮廓三角形。

3、产地不同：水蕨菜生于海拔400～2900米的杂木林下、湿地或水沟边，水芹菜原产亚洲东部。