因供养旃檀佛像于寺之正殿，寺于是以此像为名。

旃檀寺原名弘仁寺，康熙五年（1666）在明朝清馥殿旧基改建。旃檀佛像据说雕刻于元，相传为旃檀香木，其色近于沉碧，明万历中“慈圣太后始傅以金”。在北京的佛像中，名气很大，记载颇多。光绪二十六年庚子拳乱，寺毁于八国联军，旃檀佛像亦不知去向。