土壤偏酸或偏碱都不利于生物菌的生长繁殖。土壤pH值在6.5～7.5之间时最适合生物菌的繁殖，根据自己土壤的情况进行改造，让土壤pH值达到6.5～7.5，保证生物菌大量繁殖。

另外，在施用生物菌肥后，还要注意增加土壤有机质，也就是增施有机肥。因为生物菌在土壤有机质丰富的前提下才能发挥出效果来。生物菌肥的作用是靠生物菌分解土壤中的有机物来实现的，如果土壤中的有机肥施用不足，那么它是分解不出养分来的。