要扣分的。因为南宁市区内是禁止摩托车开行的。如果是外地摩托车驶入南宁市区内，驾驶员就要被查并被扣分，本市人在城区内驾摩托车也是要扣分的，所以，不能在南宁市区内驾驶摩托车。

南宁市区开摩托车要扣分吗

驾驶摩托车在限制通行区域通行或者停靠，那么根据《广西壮族自治区道路交通安全条例》的规定，将会被处以200元的罚款同时，根据公安部《机动车驾驶证记分办法》，驾驶证将被记2分。”