水菖蒲是多年生草本植物，根茎横走，稍扁，分枝，具毛发状须根，建议喷洒根系类除草剂。可以考虑在其有一定生长量时，用大剂量的草甘膦、2甲4氯等喷雾除治。水田放水，深翻田暴晒。