庆余年中的庆帝杀梅妃的原因有：

第一个原因是梅妃因为难产生下孩子的日子不对，这让疑心很重的庆帝认为梅妃是欺骗他，没有怀孕，这是一个阴谋，第二个原因是梅妃太过于聪明，已经知道了曾经庆帝杀死叶轻眉的凶手就是庆帝，于是为了防止梅妃利用这个消息要挟自己，庆帝选择了先下手为强，杀死了梅妃斩草除根。