阿笠博士并不认识琴酒，只是通过新一和灰原的谈话知道琴酒这个人而已。

在新一被变小后，他介绍新一寄宿在毛利小五郎家中，并且发明了许多设备帮助新一破案，是新一最信任的理解者、协助者。在新一追查黑衣组织的过程中，阿笠博士一直是新一追查组织的得力助手和坚强后盾。阿笠博士也是知道柯南真实身份的少数人物之一。

现与灰原哀住在一起，在灰原哀逃离组织之后保护着她。