员工手册和劳动合同两个性质不同。员工手册是为规范员工的行为，明确企业制订的相关制度，让员工遵照执行，员工手册一定要复合法律法规，并到相关的权威部门备案后有效。

劳动合同是企业与员工在合法且自愿的原则下签订的，内容包括员工从事的岗位，薪资，服务时间等。所以两者不冲突，都有效。