深海鱼捕捞可以使用延绳钓捕捞方法，主要捕捞栖息在较深海域的蓝鳍金枪鱼、马苏金枪鱼、大眼金枪鱼、黄鳍金枪鱼和长鳍金枪鱼，体重在20千克以上

另一种是表层渔具捕捞方法，包括围网、竿钓和曳绳钓等，捕捞栖息在海洋表层的金枪鱼，捕捞的品种主要是小个体的黄鳍金枪鱼、大眼金枪鱼和鲣鱼，体重范围是5-10千克。

深海鱼生活在百米以下深海区域，所以对于其捕捞方式只能是远洋深海拖网或者勾掉捕捞，然后捕捞上船，及时速冻。