吡虫啉对棉花、豆类和瓜类等敏感作物在一定的条件下可能会产生药害。另外，相关专家研究表明，使用粒径过细的吡虫啉粉剂进行拌种，同样会对种子存在有害影响。

除此之外，水稻病虫害对吡虫啉的抗药性有逐年上升趋势，所以国家已经明令禁止吡虫啉在水稻上使用了