没有区别，卫食健字是国家卫生部2004年及以前的批准号，自2004年国家成立了食品药品管理监督局后，卫食健字号一律要重新审批转为国食品健字号。

2005年9月20日，国家食品药品监督管理局下发《保健食品清理换证方案（征求意见稿）》，国家食品药品监督管理局将对保健食品生产企业原来批准的证书重新登记审核，以往两种批准文号“卫食健字”及“国食健字”将被统一规范为“国食健字”。