发生富营养化蓝藻暴发引起水体变臭时，可以采用局部用药的方法直接向蓝藻投加化学药剂，从而杀死藻类，一般沿池边泼洒含氯杀藻剂(如三氯异氰脲酸)，或硫酸铜、络合铜等重金属盐，此法有一定效果。但缺点是对虾蟹的刺激性大，尤其是用硫酸铜等重金属盐类进行杀灭。

泼洒药物后第二天上午向池中泼洒解毒药品，以缓解蓝藻的毒性。天气闷热不要应用，有条件的在使用药物时须开动增氧机。