在砧木选择上，要选择环境适应能力强、砧穗亲和力好、寿命期长、根系发育好、水肥吸收能力强、抗病抗逆性强、嫁接成活率高、长势健壮、产量和品质好的砧木。

小青桔嫁接常用砧木一般有枳、枳橙、甜橙、香橙、酸橘、酸橙（如枸头橙和朱栾）、红橘、红柠檬、酸柠檬、朱橘、酸柚、土橘、枳柚、甜橙、宜昌橙、小红橙、椪柑等。