1、茎的不同：囊瓜是一年生草质藤本，茎具卷须，不具刚毛，而南瓜是一年生蔓生草本，茎常节部生根，密被白色短刚毛。

2、叶片不同：囊瓜叶大，叶阔卵形具角棱或浅裂，而南瓜叶片宽卵形或卵圆形。

3、瓜果形态不同：囊瓜果为瓠果词条，硬壳，南瓜没有囊瓜外皮硬。