胭脂鱼的呼吸器官主要是鳃，由咽部两侧发育而来，由咽颅的鳃弓骨骼支撑。大口胭脂鱼鳃弓5对，前4对着生两列鳃片及鳃耙，第5对无鳃丝。鳃片由鳃小片组成，基上分布着许多细小的血管，使鳃丝成鲜红色，是气体交换场所。