自工程完结和自工序完结的区别在于，自工程完结指的是从对整个工程的各个项目建设的全部完工起，比如，工程项目建设施工，工程质量检测，工程竣工验收等各个项目建设全部完成。而自工序完结则指的是从工程项目建设的每一道工序全部完成起。