如果公交公司有规章制度，可以按章罚款。

公交公司对司机罚款是不违法的。公交公司作为一个企业，里面有相关的管理制度。那么其中管理制度就有对公交车司机违章以后或者违反公司规定行为的处罚。这是属于公司内部的管理规定，并不违反相关的法律。企业内部的管理制度对企业的员工是有约束力的。