苏云金杆菌使用过程中不宜与杀菌剂混用，磷酸二氢钾（弱酸性）混用影响不大，最好是单用。施药时期为卷叶螟初孵至1龄幼虫阶段施药防治，即叶片初卷时防治，2-3龄后药效普遍下降，对高龄幼虫效果更差。可根据卷叶螟发生程度，合理混配印楝素、甲维盐、茚虫威等，常见的复配剂有甲维盐·苏云金杆菌、苏云金杆菌·茚虫威。此外，苏云金杆菌的适宜施药温度为24-32℃，高温干旱天气施药需多用水量，避开中午高温阶段。

苏云金杆菌不可以和其他药物混用，否则会抵消苏云金杆菌的杀虫活性。云金杆菌主要是通过产生两种毒素，导致害虫肠道麻痹，停止危害进食，使害虫饥饿和败血症后发生死亡，属于生物杀菌剂。