代理副所长的意思是副所长的职务暂时空缺，没有人，由你代替副所长的职务。由于副所长被调走或者副所长提升为正所长，那么这个副所长的职务空缺下来，暂时没人干，而副所长的活必须找个人来干，找来的这个人本来不是副所长，而他干的是副所长的活，就是代理副所长。