深圳市宝安区公共卫生服务中心设4个内设机构，分别为：综合部、社区健康部、卫生健康应急部、家庭发展与妇幼保健部。

下设10个分支机构，分别为：

深圳市宝安区公共卫生服务新安分中心、

深圳市宝安区公共卫生服务西乡分中心、

深圳市宝安区公共卫生服务航城分中心、

深圳市宝安区公共卫生服务福永分中心、

深圳市宝安区公共卫生服务福海分中心、

深圳市宝安区公共卫生服务沙井分中心、

深圳市宝安区公共卫生服务新桥分中心、

深圳市宝安区公共卫生服务松岗分中心、

深圳市宝安区公共卫生服务燕罗分中心、

深圳市宝安区公共卫生服务石岩分中心。