外星人为什么要杀人类，是因为工程师一族虽然从古至今都在探索生命的发展，热衷于创造新物种，但当影片开头那个工程师用自己的肉体和DNA分解重组出地球生命后，人类这种与工程师极其相近的智慧生物的出现，是工程师一族所不能容忍的。