建档立卡户贫困原因的填写方法是：首先填写该户的家庭人口数，在填写该户的收入来源及数量，然后填写该户主要致贫原因（如因残致贫，残疾等级，劳动力状况。因灾致贫，什么灾祸，损失成都。因大病致贫，什么病，话费多少钱，后续治疗花费等）的支出项目及金额。