公章备案与不备案的区别在于，公章备案是为了保障单位使用公章的安全，如果不备案，在公章使用中被不法分子冒用，将不再受到工商行政管理部门对其的保护性。

同样，如果财务专用章等也不备案，将也不再受到税务登记管理部门及银行的保护。