1、首先取下组织，投入预先配好的固定液福尔马林中，使组织、细胞的蛋白质变性凝固，以防止细胞死后的自溶或细菌的分解，从而保持细胞本来的形态结构。
2、固定成功后，修剪，用水洗去多余固定液，然后放入不同浓度的酒精脱水，一般用由低浓度到高浓度酒精依次浸泡，逐渐脱去组织块中的水份。再将组织块置于既溶于酒精，又溶于石蜡的透明剂二甲苯中透明，以二甲苯替换出组织块的中酒精。
3、将已经已经融化好的石蜡倒入脱水透明后的组织中，放入溶蜡箱中保温一段时间，待石蜡液完全渗入组织块中，在用石蜡液包埋（石蜡液的体积最好大于组织体积的10倍），冷却凝固成块，以便实验中切片。
4、切片、展片、烤片：将包埋好的蜡块固定于切片机上，切成薄片，一般为5—8微米厚。切下的薄片往往皱折，要放到加热的水中烫平，再贴到载玻片上，放45℃恒温箱中烘干。
5、染色：脱蜡——水化——染色——脱水——透明——封片——观察
石蜡去染色的方法
使用二甲苯脱蜡，然后再使用从低到高浓度的酒精进行水化，以便染料可以进入组织。
使用苏木精染料进行染色，流水稍洗去染料，再用0.1%盐酸乙醇进行分化，然后水洗去多余染料。
伊红液染色，，染色完成后用流水洗去多余染料。
水洗完染料后用从低到高浓度的酒精进行醇洗以及脱水。
