全站仪是不能完全代替水准仪的。水准仪是测量高差的仪器，全站仪是测量距离测量角度的和坐标测量及放样测量的多功能的测量仪器。

虽然全站仪也可以测量高差，但由于其测量高差的精度不是很高，所以当高差测量精度要求比较高的时候就不能代替水准仪测量的。四等水准测量及普通水准测量是完全可以代替的。全站仪测量高差的原理是三角高程测量原理。即全站仪测量两点之间距离和竖直角，然后通过三角函数公式计算两点之间的高差。