论文的英文摘要在查中时被标红是不会影响论文整体质量的。通常来说，论文的查重只看最终的总重复率，对于其中重复的段落是不会进行具体区分的，即使摘要当中有标红的语句，也不会使得最终的查重结果超出规定范围，因此不必要过于担心。