南京新市镇与新城的主要区别是城市功能不同，行政体系不同。

南京的新市镇主要是城市周边郊区的卫星城，属于乡镇范畴，小城镇建设。而新城属于新开发的城区街道，有独立的经济建设体系，不属于行政区。