灰原哀在剧情中后期并没有弱化，只是因为柯南拥有了更多的盟友，灰原哀面临的危险更小了。

灰原哀从黑衣组织逃出来之后时时刻刻保持警惕，这显示出灰原哀对主线剧情的重要作用。而之后因为柯南与FBI和日本公安方面有了接触，剧情的重点也从灰原哀这里转移了出来，所以灰原哀后期的存在感降低。但这不意味着灰原哀本身被弱化了，因为aptx4869药物等核心秘密依然是灰原哀能够掌握的信息。