按照水生动物的栖息场所，可分为海洋动物和淡水动物两大类。

多数淡水动物是不能在海洋里生存的。大多数水生动物的一生都在水里度过。也有些水生动物既可以生活在水中，也可以生活在陆地上，如陆龟、青蛙等，这些动物我们称之为水生两栖动物。此外，按照物种进化的过程，还可以把水生动物分为一级水生动物和二级水生动物。