北宋哲宗元佑四年(1089年)，苏辙权任吏部尚书。八月，任贺辽国生辰国信使，与刑部侍郎赵君锡出使辽国。

元佑五年(1090年)五月，苏辙被任命为龙图阁直学士、御史中丞。 十二月，任龙图阁学士。

元佑六年(1091年)二月，任中大夫、守尚书右丞。 当时苏轼遭人排挤，乞求外任，苏辙也随兄连上四札，也乞外任，但未获准许。

元佑七年(1092年)四月，朝廷命苏辙代理太尉、充任册皇后告期使。 六月，升任太中大夫、守门下侍郎。 十一月，朝廷因郊祀天地而特加苏辙为护军，进爵开国伯，实封食邑二百户。