一、适用范围不同：1、制度适用范围宏观，不具体，没有具体的指定范围。2、章程是机关或团体条列的办事规则，微观，具体，有明确的指定范围。

二、历史出处不同：1、章程：郑观应 《盛世危言·廉俸》：“倘有玩忽章程，贻误政事、狥情受贿，越理取财，一经讦发，从严查办。”2、制度：魏巍 《壮行集·春天漫笔》：“他没有看到，存在几千年的剥削制度的消灭，就是大公平。”