煤科院下设6个研究分院:煤化工分院、节能分院、检测分院、矿用油品分院、安全分院、装备分院，1个分公司:北京分公司，2个控股子公司:浙江煤科清洁能源有限公司和内蒙古阿拉善盟科兴炭业有限公司，以及多个参股公司。

煤炭科学研究总院北京煤化工研究分院（原北京煤化学研究所）成立于1956年，现有职工130人，其中研究员22人，高级工程师31人，工程师22人，另有在读博士、硕士研究生20多余人。