建档立卡户是住院医药费是可以进行二次报销的。一般不需要特别申报，是由医保部门把信息反馈给扶贫部门，扶贫部门进行核实申报。建档立卡户可以进行报备，以免漏报。

报销后扶贫部门会给就医的建档立卡户反馈，是在医保报销后，按一定比例进行的二次报销。