棉籽饼藕田里可以做肥料。但是棉籽饼要经过发酵腐熟，否则施入土中继续发酵产生高热，易使作物根部烧伤。

藕田施用须先排水后均匀撒施，结合第一次耕田，使饼肥与土壤充分混合，2一3天后再灌浅水，施用量应根据土壤肥力高低而定，再配合施用适量有速效性氮、磷、钾化肥。