调档函是针对调档案的时候需要给档案所在单位提供一份材料，只是涉及到调取个人档案的情况，而商调函是针对个人工作调动，从一个单位申请调动一个人到自己单位工作那就需要发商调函，所以这两个是针对不同的情况用的。