突触小泡是神经传递递质的，而囊泡是一类具有封闭双层结构的分子有序组合体，是一类物体的总称。突触小泡有可能是囊泡。但囊泡不一定是突触小泡。

突触囊泡和突触小泡都是膜结构，只是运输物质不同，前者运神经递质，后者运分泌蛋白等大分子。