常见的有索氏甲烷杆菌、甲酸甲烷杆菌、热自养甲烷杆菌、反刍甲烷杆菌、运动甲烷杆菌、马氏甲烷球菌、万氏甲烷球菌、甲酸甲烷八叠球菌、巴氏甲烷八叠球菌等种属。

甲烷细菌是微生物学领域内某一类特殊细菌的统称，这类细菌的主要特点是可以通过新陈代谢释放出甲烷气体。参与厌氧消化三阶段过程第三阶段的菌种。是甲烷发酵阶段的主要细菌，属于严格的厌氧菌，主要代谢产物是甲烷。