西安市限行通行一天只处罚一次。

西安市限号车辆在限行时段进入限行区域通行，一旦被电子眼抓拍或交警查获，扣3分并罚款200元。一天只做一次处罚，即便当天多次被电子眼抓拍或多次被交警查获，当天也只做一次处罚。