三色千眼菩提彩果大多是人工染的，只要极少数的珍品是天然的。

菩提子是有彩色的，但比较少见，千眼菩提子彩果是自然风化而成的，非常难得，通常2000个千眼菩提子中才能出一个红果，具有很高的收藏价值。其中以花白玉菩提最为出名，它主要产于印度和大洋洲一带，具有很高的观赏价值。

而在市场上大部分的彩色菩提是经过染色所致。