区别在是否控制同一性状，等位基因是控制相对性状的不同基因，一般包括显性基因和隐性基因，比如A和a。非等位基因是控制不同性状的基因，比如A和B，a与b等。减数分裂时，等位基因分离，非等位基因自由组合。