1、种属不同。

肉鳍鱼：属于硬骨鱼纲肉鳍鱼亚纲。

輻鳍鱼：属于辅鳍鱼纲鱼类总称。

2、外形差异。

肉鳍鱼：身体粗重，鳍呈肢状，鱼鳍中有一个中轴骨。

輻鳍鱼：体被硬鳞，偶鳍，鳍多对称分布。