扶贫产业子基金可以贴息，中央财政根据国务院确定的年度扶贫贷款计划规模(含当年新增、收回再贷、未到期的上年新增扶贫贷款)，在计划额度内进行贴息。1998年底前发放的所有扶贫贷款均不再贴息。

2000年1月1日起，所有扶贫贷款均实行优惠贷款利率3％，该利率与商业银行同期同档次正常贷款基准利率之间的差额由财政贴息，康复扶贫贷款贴息由中央与省级财政各贴一半，其余扶贫贷款贴息全部由中央财政承担。