中国船级社质量认证公司的管理体系认证收费项目包括：

1）申请费：主要涉及初次认证、再认证以及认证范围扩大和增发证书的申请

2）审核费：初次认证审核费、监督审核费、再认证审核费、特殊审核费、认证范围扩大审核费、暂停转恢复审核费

3）审定与注册费、证书费：初次认证、再认证、认证变更等的批准与注册费用，按不同认证领域分别收取

4）年金（含标志使用费）、更换证书费。