南京便民早餐申请办证，可以到所属的区级政务服务中心城管局窗口办理便民早餐点临时占道审批。然后在区级政务服务中心市场监管局窗口办理企业注册登记，发放《营业执照》，最后完成企业注册登记信息即可。