豆豉制曲用菌种为米曲霉或毛霉。正常发酵且过程控制得好，没有杂菌污染的情况下，豆豉中是没有黄曲霉菌的。只有用被黄曲霉污染的发酵大豆生产的豆豉才可能有黄曲霉。些食品由于存放不当会发生霉变，凡是霉变的食品都有可能存在黄曲霉素。

霉菌易在粮食、油类及其制品和坚果上生长，如花生、棉籽等，干果类中的核桃、杏仁、榛子，奶制品、干咸鱼、海米、干辣椒、干萝卜条等，其中花生及其制品黄曲霉素的含量最高。